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lncRNA、mRNA和circRNA測序及整合分析

發布時間:2021/09/23
lncRNA、mRNA和circRNA測序及整合分析

  1實驗介紹環狀RNA(Circular RNA, circRNA)是區別于傳統線性RNA 的一類新型RNA 分子,廣泛存在于人和動植物中,是一類新的隱秘未知但功能異常強大的RNA 分子。作為一類新型的RNA 分子,circRNA 具有閉合環狀結構,大量存在于真核轉錄組中。大部分的circRNA 是由外顯子序列構成,在不同的物種中具有保守性,同時存在組織及不同發育階段的表達特異性。由于circRNA 對核酸酶不敏感,因此比線性RNA 分子更為穩定,使得環狀RNA 在作為新型臨床診斷標記物的開發應用上具有明顯優勢。

 

  近期研究顯示,環狀RNA在不同物種中起到miRNA海綿的作用,稱之為競爭性內源RNA(ceRNA),能競爭性結合miRNA,從而調控靶基因的表達。因此,通過環狀RNA測序,獲得差異表達的circRNA,分析miRNA結合位點,挖掘circRNA與競爭性結合疾病相關的miRNA在疾病調控中的作用機制。

 

  針對 circRNA 高通量測序數據分析,可采用去除去除 rRNA手段建庫測序,因此整個測序不僅可以分析circRNA,同時也可進行蛋白編碼基因(mRNA)以及長鏈非編碼 RNA (lnc RNA)分析 。

 

  2分析流程:

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  3項目服務細則:

 

 ?。?)樣本收集,實驗組vs.對照組(每組三個樣)

 

  RNA樣品總量: ≥3μg

 

  RNA樣品濃度: ≥100 ng/μL

 

 ?。?)Total RNA提??;

 

 ?。?)去除rRNA;

 

 ?。?)建庫并上機測序(整個測序不僅可以分析 circRNA,同時也可分析蛋白編碼基因( mRNA)以及長鏈非編碼 RNA (lncRNA));

 

 ?。?)數據分析,每組12G數據量;

 

 ?。?)周期:8 -10周。

 

  4. 預期結果(部分結果展示)

 

 ?。?)circRNA 表達譜研究

 

  l circRNA鑒定


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  l circRNA注釋

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  l 差異circRNA火山圖

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  l 差異表達聚類分析

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  l 差異circRNA-hosting基因富集分析

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  l KEGG富集分析差異circRNA-hosting基因上下調統計


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  l circRNA起源分析

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  l circRNA-miRNA互作網絡分析


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  圖中紅色代表miRNA,綠色代表circRNA,藍色代表mRNA

 

?。?)protein coding 基因差異表達分析(圖表同上)

 

  l 差異基因表達分析

 

  l 差異基因表達水平火山圖

 

  l 差異基因聚類分析

 

  l 差異基因GO和KEGG富集分析

 

  l SNP和Indel分析

 

  l 可變剪切分析   

 

?。?)lncRNA表達譜研究(圖表同上)

 

  l lncRNA篩選

 

  l 不同樣本lncRNA基因組可視化結果

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  l 差異lncRNA表達分析

 

  l 差異lncRNA表達水平火山圖

 

  l 差異lncRNA聚類分析

 

?。?)整合分析

 

  l lncRNA、mRNA表達量比較

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  l lncRNA、mRNA長度比較

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  l lncRNA、mRNA ORF分布

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  l lncRNA靶基因分析

 

  l 特異lncRNA與mRNA網絡互作分析


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  5. 驗證實驗

 

  qPCR驗證顯著差異circRNA、lncRNA和mRNA的表達量。


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