RNA-seq 和ChIP-seq數據關聯分析

　　1實驗介紹ChIP-Seq 的原理是：首先通過染色質免疫共沉淀技術（ ChIP ）特異性地富集目的蛋白A結合的 DNA 片段，并對其進行純化與文庫構建；然后對富集得到的 DNA 片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的 DNA 區段信息。另外，通過對A基因過表達或敲除/干擾后，進行RNA-seq，尋找A基因影響的下游基因，通過ChIP-seq和RNA-seq的整合，進一步分析A調控的基因和及其結合位點，并通過real time PCR和雙熒光素酶系統等實驗進行驗證。

 

　　2目的：

 

　　篩選目的蛋白調控的靶基因及結合位點。

 

　　3實驗步驟：

 

　?。?） 野生型和A基因干擾后兩組細胞的RNA-seq，每組三個樣，測序數據量6G/sample；

 

　?。?） A蛋白的ChIP-seq（需要有A蛋白ChIP級別的抗體），三個重復，測序數據量 10M reads /sample，DNA樣品總量：≥50ng，DNA樣品濃度： ≥10ng/μL；

 

　?。?） ChIP-seq Peak 區域分析；

 

　?。?） RNA-seq差異表達基因分析；

 

　?。?） 高級分析及整合分析；

 

　?。?） 實驗驗證。

 

　　4實驗思路：

　　參考文獻（1）Laurent A, Calabrese M, Warnatz HJ, et al. ChIP-Seq and RNA-Seq Analyses Identify Components of the Wnt and Fgf Signaling Pathways as Prep1 Target Genes in Mouse Embryonic Stem Cells [J]. PLos One, 2015.

 

　?。?）Jones CJ, Newsom D, Kelly B, et al. ChIP-Seq and RNA-Seq reveal an AmrZ-mediated mechanism for cyclic di-GMP synthesis and biofilm development by Pseudomonas aeruginosa[J]. PLoS Pathog, 2014, 10(3).

 

　?。?）Zhang X, Jin J Y, Wu J, et al. RNA-Seq and ChIP-Seq reveal SQSTM1/p62 as a key mediator of JunB suppression of NF-κB-dependent Inflammation[J]. Journal of Investigative Dermatology, 2014.